Najčešći protokoli stimulacije su protokoli sa GnRH agonistom i protokoli sa GnRH antagonistom.
Protokoli sa agonistima mogu biti dugi, kratki i ultrakratki u zavisnosti od dužine primene GnRH agonista.
Dugi protokol sa agonistom obično počinje od 21. dana prethodnog ciklusa. Tada se počinje sa primenom GnRH agonista sve do početka menstrualnog krvarenja, kada se proverava da li je došlo do desenzitivizacije hipofize proverom određenih hormona kod pacijentkinje. Suština ovog postupka jeste da isključimo uticaj hipofize na funkciju jajnika.
Iako je dugi protokol bio mnogo zastupljeniji u prošlosti, on se primjenjuje i danas, najčešće kod pacijentkinja sa endometriozom.
Kratki protokol sa agonistom podrazumeva započinjanje primene GnRH agoniste drugog dana, a gonadotropina (leka koji stimuliše rast folikula) od narednog dana. Kod ultrakratkog protokola primena agonista traje svega 3 ili 4 dana ciklusa, počevši od 1. dana.
Danas se ipak nejčešće koriste protokoli sa antagonistom. Stimulacija jajnika počinje 2. ili 3. dana ciklusa primenom gonadotropina i traje desetak dana. Ovo je protokol izbora za najveći broj pacijentkinja, a pogotovo kod pacijentica sa policističnim jajnicima kako bi se izbegla hiperstimulacija jajnika (OHSS).
Iznad opisani protokoli su protokoli konvencionalne (standardne) stimulacije.
Danas se često koriste i protokoli blage stimulacije, uglavnom kod žena koje imaju značajno smanjenu jajničku rezervu. U protokolima blage stimulacije kombinuju se tablete (klomifen-citrat, letrozol i sl) sa gonadotropinima. Primenjuju se u slučajevima gde se dozama koje se koriste u protokolima standardne stimulacije ne može dobiti veći broj ćelija nego uz blagu stimulaciju.